在近现代的神学著作中，加尔文的《基督教精义》是可与托马斯·阿奎那的《神学大全》相媲美。有位评论家曾这样断言：“要开列出对世界最有影响的20本书，而不把《基督教精义》包括其中，那时不可能的。”与其他任何一本产生于那场宗教改革运动的书相比，这本书更为清晰地反映了整个新教运动的思想。
加尔文最初的打算是把《基督教精义》写成一本通俗的基督教义手册，但后来，法国爆发了新天主教迫害事件，这促使他转而把它写成为那些遭受虐待的教友们鸣不平的辩护词。在著名的《信仰指南》即《致他的挚友基督教徒法兰西国王马耶斯迪·弗朗西斯书》中，加尔文就提出要提防那些散布新教的虚假指控。
《基督教精义》首次发表时，只是一本仅有6章的小册子。到后来，再版多次，1552年，臻于完善，共有8章，成为了一部神学大全的杰作。
加尔文的教义有三个基本特征，其一，上帝是绝对的统治者；其二，人是绝对的孤独和整体性的堕落；其三，上帝选择地拯救人，大多数人的本性是恶的，他们永远要受上帝的惩罚，而他们又命中注定中只有通过上帝的拣选才可获救，才可升入天堂。人除非接到上帝救赎的昭示，否则，他就无从知晓自己是否被拣选。因此，人的内心应在希冀荣耀和幸福中能够永远保持纯洁和正直，那些过着罪恶生活的人，本身就在向世人表明，他是该遭诅咒的人。
根据加尔文的预订论，是上帝创造了世界的自然秩序，这就意味着人具有天赋的权利，得服从自然法则及人与人之间所有法律的、道德的关系准则，并受他们支配。
在《基督教精义》中，有一个最具现实意义的思想，那就是加尔文关于教会与公家关系的观点。在有些评论家看来，加尔文主张教会应当统治国家并管理市民的生活。加尔文在日内瓦创建了一个神权统治的国家，为这种主张提供了现实依据，在这个国家中，国民政府服从于基督教会。然而，在加尔文的正式教义中，他又主张教会与公家是协调合作的组织制度形式，各自的权利都是神授的，都拥有某些不可侵犯的权利。
加尔文对教会和国家的职能分别做了全面而明确的规定。他认为，教会关心人的永恒精神性需求，而国家则负责关注人的暂时的物质性需求，加尔文阐述道：“那些懂得如何区分肉体与灵魂、现世短暂生命与来世永恒生命的人，就会毫不困难地理解基督教的精神王国与世俗政权是既相互区别又相互联系的问题。”
在教会与国家之间的关系上，加尔文还指出，教会与国家各自的最高目的都是为了上帝的荣耀。对此，须臾不可忘却。于是，对世俗权利和基督教会权力的规定就是为了实现这一共同目标，自然地，在该目标实现过程中，强化宗教的统一性就变成了国家的义务。这也引申出他的宗教不宽容思想，他主张采取极端行动，活活烧死反对“三位一体”教义的塞尔韦图斯，他还竭力否定哥白尼的日心说理论。
与加尔文的预定神学密切相关的是他的君臣思想。加尔文宣称，无论是暴君还是仁慈的君主，都是按上帝的旨意从他们国家中产生的，因此，即便是最邪恶的统治者，在他们掌握至高无上的权利时，“他们也应得到像最仁慈的君主那样多的敬畏和尊重”。人们就像接受上帝对罪恶的惩罚一样，必须得接受这样的暴君。对加尔文来说，本应作为一条根本真理的人民权利是无关紧要的。正如英国历史学家W·R·马修斯评论的：“我们要想从他们的著作中了解到任何一种有关民主理论，那完全是徒劳的；相反，你只能看到他对公民权的蔑视。”
在加尔文看来，反对一个业已存在的政府，只有在一种情况下是正当的，即：如果这个邪恶的政府企图将它的权威凌驾于上帝之上。因此，当统治者要求我们盲目崇拜他时，“我们应该服从上帝，而不应该服从人（统治者）”。
同时，加尔文认为没有必要把政体看得太要紧。他指出，无论是君主政体，还是贵族政体，都是上帝赞许的。然而，也许是因加尔文在法国和英国的教友遭到教会的迫害，他怀疑起君主政体，而倾向于贵族政体。
加尔文的神学思想不仅具有巨大的现代神学意义，而且对后世的政治学和经济学产生了深刻的影响。
在政治实践方面，加尔文对重构教会和国家之间的关系，把宗教影响渗透到社会生活的方方面面，对自由和民主间接地起到了有力的推动作用。加尔文的追随者们根据加尔文的“服从上帝而不服从人”的主张，认为，应当由圣教徒们统治人间，而异教徒的统治者应当被打倒。美国的文明和宗教生活就直接受到英格兰新教徒和苏格兰长老派信徒的影响。他们对加尔文关于人类服从上帝的，反对人间专制君主是完全正当的教义做出了充分的阐释。
在经济实践方面，经济学家们给予加尔文及其近代资本主义的崛起创造条件的追随者们以崇高的荣誉。加尔文认为，商业活动是由上帝派定的神圣的“职业”（神的感召，callings），因此，从事商务同样是高贵的；建设性的劳动是上帝荣誉，也是普遍的善行；对财富的追求是宗教的“伴侣”；对于社会来说，资本（利润）与荣誉是同等重要的；勤劳节俭的美德和道德上的德行是一致的。从此，人世间的一切都被泛神化、神（圣）化，所有成就都被看做是上帝恩惠的一种象征!这是《基督教精义》的现实化“精义”所在。
