医院制度使医生专业化水平大为提高。从19世纪60年代开始，医生职业内出现了专门化趋向，除了传统的内外科的分工之外，还出现了更多的如产科、神经科等专业分工，实行专业就诊，为许多患同一种特殊疾病的病人看病能够提高专业化水平。广州教会医院的治疗重点是眼病，但是疾病的种类已涉及到内外科、骨科、皮肤科和牙科，手术包括肿瘤、膀胱结石、乳腺疾病、腹水、坏死性骨骼切除等。在中国传统医学中，诊断、医疗、配药几乎都是由医生一人负责，一医多能，近代医院则通常一人一科。
医院制度使得医疗器械的利用率大为提高，也营造了适合技术进步的环境。传统中医依靠个人之力，因而不像西医医院那样具有相对充足的财力及人力资源，以不断更新药物及设备。加之传教医师与本国的密切联系，在一些著名的教会医院里，往往能够及时接受近代西医学的最新发现和发明，并立刻应用于临床。1845年以前，教会医院的外科切割手术都是在无麻醉下进行。1847年当伯驾引入乙醚麻醉法在他的医院第一次试用时，离世界上乙醚麻醉法下施行的第一例外科手术仅时隔一年。麻醉术引入教会医院，使医院实施的外科手术选择范围大大扩展，被视为中国医学史上的重大进步。（注：时隔两年，氯仿麻醉又被引进，伯驾在1848年的报告中说，他第一次用的氯仿是纽约希费林(SchiefflinHM.)医生提供的。1849年上海医院开始用氯仿进行外科手术。）之后，抗感染的问题上升为主要矛盾。1875年西方施行了第一例无菌手术，一年后，上海医院的重要外科手术亦均在无菌情况下操作。随着无菌消毒方法的进一步改进，手术人员开始重视清洁并穿戴灭菌手术衣、手套和口罩，手术室内的大量围观者也被禁止。这些都为当时的中国教会医院及时采纳。除此之外，细胞病理学说、微生物病原学及西方学者对各种病菌的发现和描述、免疫学的理论和方法、临床检查法等都随着该时期新的医生来华而迅速传入教会医院。
随着医院的建立，西方医院的管理办法也被带到中国。由伯驾医生就开始的病历记录，逐渐形成了正规的体系。为了在观察和检查病人身体方面有条不紊，医院开始使用专门的记录簿，通过表格详细描述病人的基本情况。“中国医务传道会”的每个医院都对重要的病例进行记录并报告，为医学研究提供可靠的文献。到1919年，中国教会医院中，有住院病人和门诊病人详细病案记录的医院有62所，占当年所调查医院总数的40%，只做一部分病案记录或只做住院病人病案记录的医院落共24所，占16%，没有病案记录的医院共有69所，占44%。（注：《中华归主——中国基督教事业统计（下）》，中国社会科学出版社，1987年，第972页。）医院所做的病案记录成为现代医院标准化建设的重要指标。
晚清医疗制度的变迁，还包括医护人才的培养。中国传统的医学教育以师傅授徒为主要方式，或通过家传秘制或私淑学习来传播医技。常见的“祖传世医”成为一些家庭之职业。民国初年，著名医师连伍德曾在《东方杂志》撰文指出：“数千年来，吾国之通病，偶有所得，秘而不宣。则日久渐就湮没，而各国则反是。有所发明之理，惟恐人之不知。朝得一方，夕遍全国。”（注：《论中国当筹防病之方实行卫生之法》，《东方杂志》第12卷第2号。）
伯驾在来华之初就希望拥有受过一定医学教育的青年作他的助手，减轻由他承担的医院工作。有中国青年的帮助，不仅可减少他的工作份量，还可以很大程度上减少他与民众之间的隔阂，使民众更容易接受完全不同于中国传统医学的西方医药。1837年，经他挑选，一些青年开始跟他学习医药学和英文，并在医院里帮助做配药以及手术助手方面的事情，这就是伯驾在他的报告中提到的第一个“医疗班”。其他的传教医师也都在行医的过程中招收了一些学生兼助手，在不同程度上向他们传授医术。嘉约翰在广州将近50年的医学传教生涯中，帮助指导了150～200名学生。当时，虽然条件简陋，但临床教授还是获得了很大成功。当然，仅靠传教士医师与教会医院培养助手及招收生徒的方式来培养西医人才是远远不够的，解决的办法只有系统地训练中国人，发展成为正式的医学教育。
晚清中国第一所正式的西医学校是1866年附设在博济医院内的“博济医校”，由嘉约翰主持，教育中国男女医科学生。这所学校起初招收的学生主要是教会的学生、金利埠医院的学生，还有其他人如开业的中医师。1868年，该校有12名学生，1870年又增收了几名，每周二和周六由教师给医学班上两次课。（注：History of Chinese Medicine p.247.）传教士主要通过临床指导向中国学生传授外科技术，同时也开始从基本原理和基础知识着手。因此传教医师在思考医学教育时就指出应当开设化学、自然科学史和自然哲学等课程，使之与解剖、生理、内科、外科配合讲授。嘉约翰教授药物学和化学，聘请黄宽担任解剖学、生理学和外科学课程，请关韬教授中西医临床实践各科。
1876年，学校扩大了实验室的设备，建立了标本室。1879年，博济医院正式成立博济医科，定名为南华医学校，规定学制三年，同时招收女学生，这是中国第一所招收女学生的学校。学习期满后进行临床实习。这所学校于1912年停办，毕业生共150人。继博济医校之后开办的医校有上海圣约翰大学医科、苏州医院医校、杭州广济医学校、香港西医书院、济南医学校、金陵大学医科、北京协和医学院等（详见附表）。据美国传教医师尼尔在1897年作的调查，当时60所教会医院（尼尔发出160份咨询单，返回60份）中，有39所兼收生徒，包括香港的医院在内只有五所超过10人，其余大多数均保持在2至6人，平均每所医院有4人。已毕业的学生有300名左右，肄业者约有250～300名。（注：Chinese Medical Missionary Journal.1897,89.9.）据1915年的报告统计，中国当时共有23个医学教会学校，在校学生男238名，女67名。护校36所，学生272名。（注：赵洪钧：《近代中西医论争史》，第32页。）
在教会医院和学校的影响下，中国政府和民间有识之士开始了自办西医学校的努力。1871年，京师同文馆开设生理学和医学讲座，著名传教医师德贞、英国伦敦会传教医师卜世礼(Stephen Woot Bushell),1896年美国北长老会医师满乐道(Robert Coltman Jr.)等先后在此讲授西医知识。1881年，中国第一所正规的现代医学校天津医学馆设立，后发展为北洋医学堂。在此前后，上海、福州、天津等地的洋务学堂中，也开办了医学专业。
总之，在教会医院的影响下，到民国年间，中国医事系统已经发生了重大变化，西医的知识、技术、西医教育，西医医院，已成为中国医事系统中的主体部分，传统的中医已退居从属地位。
